Concentrées sur une problématique sols, aucune étude d'envergure visant la composante microbienne et focalisant la contamination dans les rivières n'a été développée à ce jour. Les biofilms épilithiques qui sont en interaction permanente avec le milieu aquatique dans les rivières constituent un modèle intéressant pour aborder de nombreuses questions liées à la fois à l'écologie de ces écosystèmes insulaires tropicaux, à leur rôle potentiel de sentinelles capables de refléter la qualité du milieu et à leur capacité d'épuration. De plus l'impact de la molécule sur cette composante des écosystèmes lotiques n'a jamais été évalué. Une étude préliminaire sur des dispositifs de collecte de biofilm immergés dans les eaux de la rivière du Pérou (commune de Capesterre, Guadeloupe), à deux stations représentatives d'une eau de très bonne qualité et d'une eau sous parcelles bananières et chargée en pesticides (très majoritairement chlordécone) a montré des différences dans l'organisation des communautés bactériennes.